Từ năm 23, nhà Hán được khôi phục (sử sách thưởng gọi là Đông  Hán). Quan lại người Hán ở Châu Giao phải quy phục triều đình Đông Hán. Tổ chức bộ máy đô hộ tiếp tục được củng cố. Trước đây cứ đến tháng tám, thứ sứ đi tuần hành các quận và cuối năm về kinh đô tâu trình. Sang thời Đông Hán, thứ sử phải luôn ở Châu Giao và được cử người thay mặt mình về triều đình báo cáo.

    Giúp việc thứ sử có các tào tòng sự gồm 7 người như: Công tào tòng sự chuyên về việc tuyển bổ quan lại và các việc dân sự; bình tào tòng sự phụ trách về quân sự: bạc tào tòng sự về tài chính, biệt giá tòng sự theo giúp việc khi thứ sử đi tuần thú các quận; các tào tòng sự khác đôn đốc công việc giấy tở, sổ sách của các quận.

Tổ chức chính quyền đô hộ nước ta từ năm 43 trở đi

    Ở cấp quận, ngoài thái thú, nhà Đông Hán đặt thêm chức quận thừa để giúp việc và thay thế khi thái thú vắng mặt. Ngoài ra, tuỳ từng quận còn có một số chức quan chuyên việc thu thuê như diêm quan thu thuế muối, công quan thu thuế sản phẩm thủ công, thủy quan thu thuế hải sản, thiết quan coi việc đúc chế đồ sắt…

    Ở cấp huyện, chức huyện lệnh vẫn do các lạc tướng nắm giữ, giúp việc có một viên thừa (quan văn) và hai viên uý (quan võ). Trong bộ máy cấp huyện cũng có các tào chuyên trách từng loại công việc.

Như vậy thời Đông Hán, tới năm 40 bộ máy cai trị từ cấp huyện trở xuống vẫn do các quý tộc người Việt đảm đương.

Tổ chức chính quyền đô hộ từ năm 43 trở đi

    Cuộc khởi nghĩa Hai Bà Trưng là một trong những sự kiện lịch sử quan trọng, phản ánh tinh thần quật khởi của dân tộc ta muốn vươn lên giành độc lập dân tộc, xoá bở ách đô hộ của Bắc thuộc. Chính quyền nhà Đông Hán đã đàn áp dã man cuộc khởi nghĩa đó. Sau khi đàn áp xong cuộc khởi nghĩa Hai Bà Trưng, Mã Viện – viên tướng của chính quyền đô hộ của nhà Đông Hán, đã tiến hành vạch định lại địa giới hành chính, chia quận Giao Chỉ thành 12 huyện, Cửu Chân còn 5 huyện và Nhật Nam vẫn giữ nguyên 5 huyện đồng thời cho xây đắp thành luỹ tăng số quân đồn trú ở các huyện. Chế độ lạc tướng thế tập giữ chức huyện lệnh bị bãi bở, thay vào đó làcác viên quan huyện lệnh người Hán do triều đình Đông Hán trực tiếp bổ nhiệm.

    Như vậy, từ sau cuộc khởi nghĩa Hai Bà Trưng, chính quyền đổ hộ muốn phá tan cơ sở vật chất-xã hội của tầng lớp quý tộc Lạc Việt và thi hành chế độ trực trị tới cấp huyện nhưng vần không cai trị trực tiếp được các làng xã.