Đến sau thời Lê Trung Hưng (thế kỷ XVII – XVIII), triều đình nhà Lê bị suy yếu, tình hình đất nước không ổn định, nạn chia cắt và cát cứ của các tập đoàn phong kiến trong nước hoành hành, làm cho đời sống của nhân dân vô cùng khốn đốn. Trong bối cảnh đó, nhân dân lao động đã tìm đến với đạo Phật và Đạo giáo để làm chỗ dựa về mặt tâm lí và tâm linh. Khác hẳn với đạo Phật và Đạo giáo thời Lý – Trần, chúng được phục hồi dựa trên cơ sở xã hội loạn lạc và khủng hoảng nghiêm trọng.
Nhất là Đạo giáo ở giai đoạn này bộc lộ nhiều mặt tiêu cực và cực đoan. Một dạng biến thể của Đạo giáo khi vào nước ta biến đổi thành Đạo giáo Phù thuỷ (hay đạo Phù thuỷ), mà hiện thân của nó là tín ngưỡng Tam phủ và Tứ phủ vốn có sẵn từ trước, đến thế kỷ XVI, xuất hiện thêm một phủ mới là phủ Nhân gian, do Mẫu Liễu Hạnh cai quản, để trở thành tín ngưỡng thờ Mẫu hay đạo Mẫu dân gian. Và Mẫu Liễu Hạnh đã được dân gian tôn vinh là một trong bốn vị Thánh bất tử. Cũng do ảnh hưởng của Đạo giáo Phù thuỷ mà trong các lễ hội tôn thờ các vị anh hùng văn hoá – lịch sử, người ta thấy xuất hiện các nghi lễ của đạo này như: lễ hội thờ Thánh Gióng, lễ hội thờ Thánh Tản Viên, lễ hội thờ Thánh Trần Hưng Đạo và các vị tướng lĩnh, lễ hội thờ Hai Bà Trưng và các tướng lĩnh, v.v…
Mặt khác, Đạo giáo Thần tiên là một dạng khác của Đạo giáo khi du nhập vào nước ta mà biến đổi thành, tiêu biểu là việc tôn thờ Chử Đồng Tử (tương truyền Ngài là tổ sư của đạo Thần tiên, hay còn gọi là Chử Đạo Tổ), được dân gian suy tôn là một trong bốn vị Thánh bất tử (“Tứ bất tử”), được thờ tự chính thức trong thần điện của người Việt từ bao đời nay.
Tuy thế, trong giai đoạn lịch sử từ thế kỷ XVII – XVIII, nhiều khu di tích lịch sử – văn hoá mang tính quốc gia đã được trùng tu sửa chữa lớn như: khu di tích đền Hùng thờ các vua Hùng, khu di tích đền Đô thờ Lý Bát Đế, khu di tích đền thờ vua Đinh, vua Lê; các đền thờ các vị Thánh “Tứ bất tử” (gồm: Thánh Gióng, Thánh Tản Viên, Thánh Chủ Đồng Tử, và Thánh Mẫu Liễu Hạnh), các đền thờ Hai Bà Trưng và các vị tướng; các đền thờ Trần Hưng Đạo và các vị tướng, v.v… Song song với việc này thì các lễ hội đền thờ các vị anh hùng lịch sử và danh nhân văn hoá cũng được tổ chức vớiquy mô lớn, hoành tráng hơn trước kia.